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转录因子数据库 |
介绍 |
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TRANSFAC数据库是基于真核生物转录调控所 建立的数据库, 其中收集了大量与基因转录水平有关
的数据, 如转录因子及其DNA结合位点和相应的靶基因等信息。TRANSFAC数据库由BIOBASE公司负责日常更新和维护工作。该数据库分为公开版本和专业版本两个部分, 用户只需登陆该网站, 按照要求完成相应的注册,利用所获得的账号可以免费查询公开版本中所有的信息,而专业版本则需要用户付费使用, 对于国内用户需要付款约 800 欧元进行网上查询, 如需下载则需要额外的 800 欧元。目前, 公开版版 本的版本号为TRANSFAC7.0; 专业版本版本号为TRANSFAC2009.3。两个版本的最后更新日期及贮存的数据种类及数据量。相对于公开版本, 专业版本还增加了小RNA(miRNA)及其靶序列、ChIP-chip实验序列片段, 以及所有收录数据的相关
参考文献、启动子序列等信息。 |
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JASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模
体(motif)的最全面的公开的数据库, 该数据库是由哥 本哈根大学(University of Copenhagen)负责日常数据更新维护工作。JASPAR数据库中所包含的数据, 都经过严格筛选, 有确切的实验依据, 通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释。 |
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TFdb 是一个专业的关于小鼠转录因子的非冗余 的数据库。该数据库由 RIKEN 基因组科学中心(RIKEN
Genomic Sciences Center, GSC)的基因组探测 研究组实验室(Laboratory
for Genome Exploration Re- search Group)进行日常维护。TFdb 包含了小鼠转录因子基因 和与之相关联的基因数据。TFdb 的建库宗旨是提供
小鼠全基因组的非冗余的转录因子信息。现在的版 本共有 1 585 个小鼠转录因子信息。 |
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TRRD是转录调控区数据库, 收集基因转录调 控区域注释信息资源。该数据库由俄罗斯科学院西
伯利亚部的细胞学与遗传学研究所(Institute of Cytol-ogy and
Genetics, Siberian Department of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk,
Russia)提供技术支 持及日常维护。目前最 新版本号为 TRRD7.0 。 TRRD数据库 包含的数据 种类及数据 量见表 1 。 TRRD数据库还包含 7 609 篇相关科学文献。TRRD 还有与内分泌调节、脂质代谢以及细胞凋亡相关的 转录因子信息。 |
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TRED 为转录调控元件数据库, 是基于研究基 因调控网络的需要而建立的数据库, 收集有实验证
据的哺乳动物顺式作用元件和反式作用因子。TRED 为公开的数据库, 由冷泉港实验室(Cold Spring Har- bor Laboratory)承担数据整理及维护工作。该数据库目前版本收集的转录因子相关数据种类及数量。该数据库还提供人类、小鼠、大鼠的全基
因组序列, 并提供相应的序列分析查询工具 |
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PAZAR数据库是一个公开的有关转录因子和其 调控序列的数据库。PAZAR数据库提供相应的网页界 面和工具来 方便用户查询。该数据库包含的数据种类及数据量。 PAZAR数据库把数据库的结构做成小商店的形式, 为用户提供了方便简洁的查询方式 |
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MAPPER数据库收集整理两个著名的转录因子 数据库TRANSFAC和JASPAR中有关转录因子的资 料, 经过加工形成 1134 个转录因子结合位点的隐 马尔可夫模型, 并通过这种模型去搜索人、小鼠及
果蝇的基因组转录起始位点上游 10
kb序列。数据库 还提供用户自定义序列的搜索功能。MAPPER数据
库为利用计算机分析手段进行转录因子结合位点的 研究提供了平台 |
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DBTSS即转录起始位点数据库, 由东京大学人类基因组中心维护, 是一个关于转录起始位点的
数据库 , 只收集准确 实验确定的 5 ′末端的完整 cDNA序列, 并提供了已知转录因子结合位点的定位 |
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AGRIS即拟南芥基 因调控信息数据库, 是专业的拟南芥启动子序列、转
录因子及其靶基因数据库 |
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DBD即DNA结合结构域数据库,是一个预测与DNA特定序列结合的转录因子的数据库 |
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Redfly是一个收集果蝇转录顺式作用元件和转录因 子靶序列的 数据库 |
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RegulonDB 是一个专业的有关大肠杆 菌和其他生物转录起始和转录调控的数据库 |
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PlantProm DB 是一个有注解非冗余的RNA聚合酶Ⅱ识别的植物启
动子序列数据库 |
